Вуз является исполнителем инновационных научных программ, значимых для развития страны. Это фундаментальные и прикладные исследования в области агропромышленного комплекса, ветеринарии, технологий создания новых перспективных материалов, индустриально-инновационного развития региона и национальных нормативов качества жизни сельского населения, сферы высшего образования Республики Казахстан.

Задача ученых – проводить фундаментальные и прикладные исследования, участвовать в подготовке программ устойчивого развития региона, инновационных республиканских проектах, в разработке нормативных документов и стандартов качества в области образования и социальной сферы.

ИнЕУ занимается разработкой наукоемких технологий, участвует в международных и республиканских конкурсах инновационных проектов, оказывает помощь предпринимателям, ученым и изобретателям в подготовке инновационных проектов, коммерциализации их научных идей.

В рамках реализации Государственной программы модернизации жилищно-комунального хозяйства на базе ИнЕУ совместно с АО «Казахстанский центр модернизации и развития ЖКХ» организована первая выставка энергосберегающей продукции предприятий региона.

Ежегодно студенты и преподаватели ИнЕУ участвуют в региональных, республиканских и международных конкурсах инновационных проектов и выигрывают гранты.

Основными задачами отдела научно-организационной работы являются:

• организация и координация научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ (НИОКР), проводимых по утвержденным планам Инновационного Евразийского университета (ИнЕУ);
• содействие в реализации инновационных проектов преподавателей, студентов, магистрантов, докторантов ИнЕУ;
• интеграция научной, научно-технической и образовательной деятельности на основе различных форм участия преподавателей, студентов, магистрантов, докторантов университета и других вузов, включая зарубежные, в научных исследованиях и разработках, проводимых в структурных подразделениях ИнЕУ;
• содействие в разработке новой техники и технологии, новых научных и учебных методик и методологий, оказание услуг консультативного характера;
• внедрение результатов НИОКР, проводимых в ИнЕУ, в производство и учебный процесс;
• привлечение преподавателей, стажеров-исследователей, докторантов, магистрантов, студентов ИнЕУ к участию в научных исследованиях и разработках;
• содействие преподавателям, студентам, магистрантам и докторантам ИнЕУ в подготовке документов, представляемых на конкурсы научных проектов с целью получения грантов, научных стипендий и премий;
• содействие в обеспечении правовой охраны объектов интеллектуальной собственности, создаваемых в ИнЕУ; 
  организация научных конференций и семинаров, проводимых по плану ИнЕУ.
• участие в научных и инновационных мероприятиях, направленных на повышение имиджа ИнЕУ.